Nos princípios do século XVI este templo era uma simples ermida pertencente à freguesia de São Clemente de Loulé. Porém, pouco tempo depois o local alcançou grande preponderância e tornou-se sede de freguesia.
O atual edifício remonta às décadas de 1520-1530, ocasião em que se procedeu à reconstrução da ermida. O retábulo construído na década de 1540 utilizou o formulário do Primeiro Renascimento. No tramo central havia um encasamento ou tribuna onde estava colocada a representação escultórica da padroeira – Nossa Senhora da Assunção. Esta imagem de madeira (138cmx45cm) constitui um interessante exemplar do Primeiro Renascimento, apesar do restauro anacrónico realizado no século XX.
A pia batismal é uma interessante manifestação da época manuelina. Foi executada pouco antes de 1534, ano em que é referida na Visitação da Ordem de Santiago e qualificada de "muito bem obrada". De entre os ornatos que apresenta destaca-se um cordão espiralado que envolve a taça e uma cena de caça. Trata-se de mais uma prova da afirmação algarvia como centro de produção artística nos finais do século XV e nos princípios do XVI.
Em 1728 iniciou-se a renovação da ornamentação interior deste templo. O retábulo principal foi então ajustado notarialmente entre a Comissão Fabriqueira e o maior entalhador da época, o mestre Manuel Martins. De seguida, foram executados os dois retábulos colaterais ao arco triunfal, da invocação de Nossa Senhora do Rosário e de Santo António. Na campanha efetuada na primeira metade do século XVIII construíram-se ainda na nave da igreja dois retábulos laterais fronteiros um ao outro, ambos seguindo o formulário barroco. A capela era então administrada pela Confraria das Almas do Purgatório.
O terramoto de 1755 provocou alguns danos nesta igreja, sendo a reparação efetuada nos anos seguintes, datando desta época a torre sineira. O atual frontão da fachada principal e a janela emoldurada que ilumina o coro alto datam provavelmente de 1871.

LAMEIRA, Francisco, Igreja Matriz N.ª S.ª da Assunção Querença. [s.l.], [s.n.], 2003.

CARRUSCA, Susana, Loulé: Património Artístico. Loulé, Câmara Municipal, 2001,p. 91-93.