A Igreja da Misericórdia é uma construção dos meados do século XVI (1559) e conta com a assinatura do arquiteto da casa real Miguel Arruda.

É um exemplar perfeito de igreja-salão, de três naves, todas à mesma altura, com abóbadas de nervuras cruzadas, iluminadas por seis janelas retangulares e sustentadas por dez colunas toscanas, todas elas decoradas com ornatos brutescos, elementos que criam a espacialidade rasgada e conferem monumentalidade ao conjunto. A obra decorreu por empenhamento da rainha D. Catarina, regente pelo seu neto D. Sebastião, desde 1559 até 1606.

No interior conserva-se uma sepultura rasa, epigrafada, de Nuno Velho Pereira (…-1609), uma das personalidades mais significativas da época da expansão portuguesa no mundo, capitão da Índia e patrocinador da Santa Casa da Misericórdia. Com o terramoto de 1755 perdeu-se a primitiva fachada da Igreja. Esta foi substituída por outra barroca.

O Órgão de Tubos instalado na Igreja da Misericórdia foi originalmente assente no coro alto do lado do Evangelho, com colocação lateral. Com o restauro, em 2008 pelo mestre Dinarte Machado, colocou-se ao centro do mesmo coro, em posição frontal para o altar.

É um instrumento representativo da organaria portuguesa construído em 1818 por António Xavier Machado e Cerveira (1756-1828), um dos maiores organeiros do seu tempo.