A Igreja da Madre de Deus integra o antigo Convento do mesmo nome, fundado em 1509, pela rainha D. Leonor, que o doou às freiras clarissas.

É um dos mais notáveis conjuntos artísticos da capital, tendo sido ampliado no reinado de D. João III e reformado no século XVIII.

O pórtico da igreja de Madre de Deus, com colunelos torcidos e arcos trilobados é ornado pelo camaroeiro e pelo pelicano, símbolos de D. João II e de sua esposa, D. Leonor.

Foi restaurado no século XIX, com inspiração no quadro de Santa Auta.

O Convento da Madre de Deus abriga hoje o Museu Nacional do Azulejo.