Nos finais da Idade Média, a ermida de São Sebastião de Salir pertencente à Paróquia de São Clemente de Loulé, era um edifício gótico de proporções razoáveis com capela-mor e corpo de três naves e três tramos com arcarias ogivais assentes em colunas de cantaria.
Após a elevação a sede de freguesia, nos meados do século XVI, ainda se construiu diante das fachadas principal e lateral sul um alpendre suportado por colunas com capacidade para receber mais fiéis.
No terramoto de 1755 caiu a igreja toda, que era de três naves, e ficou totalmente arruinada a capela-mor. Na reconstrução efetuada nos anos imediatos, a igreja passou a ter uma só nave e capela-mor, ambas retangulares.
Novos abalos sísmicos em 1856 e 1969 provocaram estragos relevantes e originaram sucessivas intervenções, pouco criteriosas em termos de requalificação patrimonial. Daí resultou a atual descaracterização particularmente visível nas molduras dos vãos da fachada principal e nos materiais usados no interior – no pavimento e nos azulejos do rodapé.
A última grande intervenção, a construção da atual cobertura, surgiu na sequência de um incêndio ocorrido em 1995, que destruiu o anterior telhado, que apresentava um forro de madeira.
No interior da tribuna do altar-mor encontra-se ainda a ornamentação em talha da época barroca, nomeadamente o trono piramidal e os painéis que revestem as paredes laterais e a cobertura.
O retábulo principal e os dois retábulos colaterais foram construídos na mesma campanha de obras, numa época de decadência artística já posterior à implantação do Liberalismo, provavelmente na segunda metade do século XIX.
Sobrevivem nesta igreja dois retábulos de talha da época barroca. O mais interessante é o das Almas do Purgatório, devoção de larga aceitação no Algarve barroco.
Iconograficamente, S. Sebastião é representado jovem e imberbe, com as mãos atadas a um tronco de árvore oferecendo o corpo despido às setas do verdugo, que o trespassam, mas não o matam. Esta imagem de vulto perfeito, de madeira com 86cm x 26cm, data do século XVII e adota os cânones maneiristas. Presentemente está fora de culto, mas esteve colocada durante vários anos no altar-mor, pois era o orago do templo.
No interior da igreja encontra-se um interessante pergaminho quinhentista originário de Roma, no qual o Cardeal João, membro da Ordem Dominicana e representante do Papa Paulo III, responde afirmativamente ao pedido de privilégios solicitado pelos responsáveis da Confraria do Santíssimo Sacramento de Salir.

LAMEIRA, Francisco; SERRA, Pedro, Igreja Matriz de S. Sebastião Salir. Loulé, Câmara Municipal, 2000.