A primitiva igreja de S. Tomé (que ficava na actual povoação de Casal de S. Tomé) foi doada ao Mosteiro de Santa Cruz, em 1312, por Solema Godinho, sendo a posse confirmada pelo Papa Lúcio II, em 30 de Abril de 1144. Mais tarde, em 23 de Maio de 1265, existe outra referência à igreja, do Bispo D. Egas Fafes. No ano de 1690 foi erguida uma nova igreja matriz, pelos padres crúzios, no centro da Vila de Mira, devido ao desejo da população e sua necessidade, sendo a sacristia e a capela-mor benzidas apenas em 1727.
No interior, o tecto é totalmente forrado a madeira com pinturas, sendo de destacar o altar e retábulos em talha dourada e as esculturas, designadamente, de S. Tomé, S. Pedro e S. Lourenço, datadas do séc XV, de S. João Baptista, do séc. XVI, e de Nossa Senhora (em madeira), de mãos postas, e Nossa Senhora com o Menino, do séc. XVIII. Inclui ainda, interessante revestimento de azulejos.