A Igreja de Nossa Senhora de Jesus do Sítio (Igreja do Hospital de Jesus Cristo de Santarém) é uma estrutura integrada num conjunto edificado que faz parte do antigo Convento dos Franciscanos da Ordem Terceira. No século XIX foi transformado em hospital e hoje é um estabelecimento de ensino e sede dos serviços da Santa Casa da Misericórdia de Santarém.

Esta igreja foi edificada entre 1615-1649 e ocupou o espaço da antiga ermida medieval de Santa Maria Madalena. O seu frontispício constitui um exemplo representativo do "estilo chão" da autoria, como sugere Vítor Serrão, de Mateus do Couto. O coro alto ocupa os dois primeiros tramos da nave e por baixo surgem duas capelas laterais por banda. Podem aqui ser apreciados azulejos azuis e brancos do século XVII e pinturas murais no tecto do coro e capelas colaterais, de autoria de António Simões Ribeiro.

O órgão de tubos, colocado no transepto da Igreja de Nossa Senhora de Jesus do Sítio foi restaurado em 2008 pelo mestre organeiro Nuno Rigaud.

Este instrumento foi construído por autor ainda desconhecido, na segunda metade do século XVIII. Poderá ser um “antigo” órgão adquirido pela Santa Casa da Misericórdia antes de 1799, de que falam alguns documentos.