De origens humildes, Ernesto Vieira ingressou aos 12 anos no Conservatório Nacional onde completou os cursos de flauta e harmonia, tendo estudado também oboé e piano. Instrumentista de mérito, atuava com regularidade nas principais orquestras de ópera e teatro de Lisboa. Foi professor da Academia de Amadores de Música e dedicou-se ensino da teoria musical, sendo autor de manuais elementares de solfejo e teoria, que permaneceram em uso nos conservatórios até finais dos anos 60 e foram frequentemente reeditados até ao final do século XX.

O seu Diccionário musical (1890-1899) representa um importante contributo para a fixação de uma terminologia técnico-musical portuguesa no quadro da tradição erudita ocidental. Deixou composições para flauta, algumas delas com intuito pedagógico. Como musicólogo, desenvolveu um trabalho pioneiro de consulta sistemática dos fundos da BNP, das bibliotecas de Évora e da Universidade de Coimbra, bem como dos arquivos musicais das sés de Lisboa e Évora, ao mesmo tempo que reuniu uma extensa coleção pessoal de manuscritos e impressos musicais, práticos e teóricos, de autores portuguesas dos séc. XVIII e XIX, ora por compra ora por oferta dos familiares e discípulos dos próprios compositores, e que hoje é parte importante dos fundos musicais da BNP.

Foi o primeiro dos musicólogos portugueses a ultrapassar a mera pesquisa histórica e biobibliográfica, articulando-a com a inventariação e a análise das fontes de música prática. Escreveu vários artigos de divulgação teórica e histórico-musical para as revistas Gazeta Musical, Amphion, Gazeta Musical de Lisboa e Arte Musical, entre outras. Em particular, deixou o monumental que constitui uma referência indispensável para o estudo de qualquer período da música em Portugal dos séculos XVI ao XIX.

A ele se deve ainda um dos primeiros esforços de redação de uma síntese sistemática da história da música em Portugal (1908). Sem a erudição de um Sousa Viterbo ou a cultura musical cosmopolita de um Joaquim de Vasconcelos, e evidenciando mesmo uma visão demasiado centrada da música em Portugal, que o leva com frequência a juízos de valor dificilmente sustentáveis sobre vários dos autores e obras que trata, Ernesto Vieira permanece, contudo, pela preocupação de rigor na fundamentação documental das afirmações factuais que produz, uma referência informativa insubstituível para qualquer estudo da história da música em Portugal.