O templo primitivo localizava-se na antiga povoação de Boliqueime, hoje designada por “Povo Velho”.
No início do século XVI seria apenas uma ermida pertencente à freguesia de S. Clemente de Loulé. Nas décadas seguintes procede-se à ornamentação interior e adquirem-se as alfaias necessárias para o culto. Nesta fase é adquirido um retábulo de madeira pintado com São Sebastião, Santo António, a Tentação e a Visitação.
Após a elevação a sede de freguesia, provavelmente durante a década de quarenta do século XVI, assiste-se à reconstrução do templo, que passa a ter três naves. Parece ter adotado o estilo manuelino.
Foi um dos edifícios mais afetados pelo terramoto de 1755, ficando destruído na totalidade. Julga-se que, logo no ano seguinte, foi começada a construção de uma nova Igreja Matriz. Em 1759 o novo templo encontrava-se concluído, tendo-se colocado esta data no fecho do portal principal.
Nos anos imediatos à conclusão da Igreja, a Confraria da Nossa Senhora das Dores mandou revestir de talha a capela lateral que lhe foi cedida na nave do templo. No retábulo adotou-se o formulário rococó.
O atual núcleo de escultura religiosa existente no templo é composto por vinte e sete imagens de madeira dos séculos XVI e XIX, destacando-se a Nossa Senhora e o Menino (36cm x 12cm), proveniente da primitiva Ermida de São Sebastião de Boliqueime.
Do espólio pictórico salientam-se duas telas emolduradas, uma representando Nossa Senhora ao pé da cruz com Cristo morto nos braços e outra da Nossa Senhora da Conceição.