O Jardim foi criado em 25 de janeiro de 1906 por Decreto Régio, no contexto da organização dos serviços agrícolas coloniais e do Ensino Agronómico Colonial no Instituto de Agronomia e de Veterinária, tendo-se denominado então Jardim Colonial.

Inicialmente instalado nas Estufas do Conde de Farrôbo e respetivos terrenos anexos, o Jardim foi transferido em 1912 para a “Cêrca do Palácio de Belém”, onde ainda hoje se encontra.