No Porto frequentou a Academia Politécnica, onde se destacou como naturalista e organizador das secções de Mineralogia, Geologia e Paleontologia. Coo-fundador da Revista de Ciências Naturais e Sociais e da revista Portugália, publicação pioneira nas áreas de Etnografia, Antropologia e Arqueologia. Foi ainda secretário da Revista de Portugal, fundada por Eça de Queiroz.

Exerceu funções como professor na Escola Industrial do Infante D. Henrique, bibliotecário no Ateneu Comercial e desenvolveu um intenso trabalho como diretor da Biblioteca Pública e do Museu Municipal do Porto.

Homem de saber eclético, Rocha Peixoto foi uma das figuras mais marcantes da vida cultural portuguesa dos finais de oitocentos e início do século XX. A sua vasta obra como naturalista, etnógrafo, antropólogo e arqueólogo seduziu os seus contemporâneos e continua a influenciar os trabalhos científicos atuais.